一、 什么是PCR實(shí)驗室
PCR 是聚合酶鏈式反應(Polymerase Chain Reaction)的簡(jiǎn)稱(chēng)。聚合酶鏈式反應也可以 當作一項極其重要的酶促合成 DNA 技術(shù)。PCR 又稱(chēng)為無(wú)細胞克隆系統或特異性 DNA 序列體外引物定向酶促擴增法,是基因擴增技術(shù)的一次重大革新,它可將極微量的靶 DNA 特異地擴增上百萬(wàn)倍。聚合酶鏈反應(PCR)是在 DNA 聚合酶催化下,以母鏈 DNA 為模板以特定引物為延伸起點(diǎn),通過(guò)變性、退火、延伸等步驟,體外復制出與母鏈模板 DNA 互補的子鏈 DNA 的過(guò)程。是 一項 DNA體外合成放大技術(shù),能快速特異地在體外擴增任何目的 DNA??捎糜诨蚍蛛x克隆,序列分析,基因表達調控,基因多態(tài)性研究等許多方面。一對合成 DNA 的引物經(jīng)過(guò)高溫變性、低溫退火和中溫延伸三個(gè)階段為一個(gè)循環(huán),每一次循環(huán)使特異區段的基因拷貝數放大一倍,一般樣品是經(jīng)過(guò) 30 次循環(huán),最終使基因放大了數百萬(wàn)倍; 將擴增產(chǎn)物進(jìn)行電泳,經(jīng)溴化乙錠染色,在紫外燈照射下肉眼能見(jiàn)到擴增特異區段的 DNA 帶。
二、PCR實(shí)驗室設計原則(以非洲豬瘟檢測PCR實(shí)驗室為例):
1、非洲豬瘟檢測實(shí)驗室的選址:
符合國家檢測實(shí)驗室的相關(guān)規定,具體適用于屠宰場(chǎng)來(lái)說(shuō),可選擇辦公樓或者獨立的實(shí)驗室空間,選址絕對不能和屠宰線(xiàn)相通,如果實(shí)驗室陽(yáng)性對照污染,會(huì )污染整個(gè)屠宰生產(chǎn)線(xiàn),勢必對屠宰場(chǎng)造成巨大的經(jīng)濟損失。
個(gè)別不專(zhuān)業(yè)的實(shí)驗室設計建造公司因為不了解非洲豬瘟檢測實(shí)驗室的檢測流程,造成設計布局不合理,對后期開(kāi)展工作造成很大的不便及生物安全隱患。
2、主體結構:
目前實(shí)驗室的主體多為彩鋼板、鋁合金型材。室內所有陰角、陽(yáng)角均采用鋁合金R50內角鋁,從而解決容易污染、積塵、不易清掃等問(wèn)題。并且彩鋼板結構牢固,線(xiàn)條簡(jiǎn)明,美觀(guān)大方,密封性好。
3、標準的四區分隔和氣壓調節:
將 PCR 過(guò)程分成試劑準備、標本制備和 PCR 擴增區及產(chǎn)物分析檢測區四個(gè)獨立的實(shí)驗區。整個(gè)區域有一個(gè)整體緩沖走廊。每個(gè)獨立實(shí)驗區設置有緩沖區,同時(shí)各區通過(guò)氣壓調節, 使整個(gè) PCR 實(shí)驗過(guò)程中試劑和標本免受氣溶膠的污染并降低擴增產(chǎn)物對人員和環(huán)境的污染。
另外:
PCR 實(shí)驗室根據使用儀器的功能合理設置各個(gè)工作區域,如采用聚合酶聯(lián)反應:則設置試劑儲存和準備區、標本制備區、擴增區、擴增產(chǎn)物分析區四個(gè)單獨的工作區域,這是最常用的分區方式。樣品需要粉碎處理的,還需增設樣品粉碎區;若使用實(shí)時(shí)熒光 PCR 法:基因擴增區、基因產(chǎn)物分析區可以合并在一個(gè)房間內;采用標本處理、核酸提取及擴增檢測為一體的全自動(dòng)化 PCR 分析儀,則標本制備區、擴增區、擴增產(chǎn)物分析區可合并為一個(gè)區域,因此 PCR 實(shí)驗室原則上設置五個(gè)區或四個(gè)區或三個(gè)區或二個(gè)單獨的工作區。
核酸擴增前區和核酸擴增后區可設在一個(gè)房間內,但必須在滿(mǎn)足下列要求的前提下:
a. 核酸擴增前區實(shí)驗室內設置兩個(gè)不同位置的實(shí)驗區,試劑配置在超凈工作臺中操作,樣品處理在生物安全柜內操作。
b. 在核酸擴增后區使用全封閉的擴增和檢測系統,如實(shí)時(shí)熒光 PCR 儀等。
c. 每個(gè)實(shí)驗人員使用各自的試劑、耗材、移液器和盛放污染物的盛器。
d. 在實(shí)驗前后對操作區域和共享器具進(jìn)行清潔及消毒。
e. 各區域的試劑、器具、儀器和設備為該區專(zhuān)用,不得交叉使用。
4、非洲豬瘟檢測實(shí)驗室的布局:
非洲豬瘟檢測實(shí)驗室用的儀器為熒光定量PCR,因此核酸擴增和分析在一個(gè)區,實(shí)驗室設計需要如下功能房間:PCR緩存走廊、帶緩存間的配液室、帶緩存間的樣品處理室、帶緩存間的核酸擴增分析區及實(shí)驗室用具消毒室。
5、非洲豬瘟檢測實(shí)驗室生物安全保護:
理論上講非洲豬瘟檢測實(shí)驗室是BSL-2 生物安全實(shí)驗室,需要配置二級生物安全柜,推薦選擇70%外排,30%內循環(huán),各功能房間緩存設置更衣柜和消毒器,各區的實(shí)驗服專(zhuān)用,物料流通需要配置帶紫外線(xiàn)的互鎖的傳遞窗,實(shí)行人流物流分開(kāi)設置。
6、非洲豬瘟檢測實(shí)驗室消毒:
在三個(gè)實(shí)驗區和三個(gè)緩沖區頂部以及傳送窗內部安裝有紫外燈,供消毒用。
在試劑準備區和標本制備區還設置移動(dòng)紫外線(xiàn)燈,對實(shí)驗桌進(jìn)行局部消毒。
7、非洲豬瘟檢測實(shí)驗室機械連鎖不銹鋼傳遞窗:
試劑和標本通過(guò)機械連鎖不銹鋼(不建議使用電子連鎖方式)傳遞窗傳遞,保證試劑和標本在傳遞過(guò)程中不受污染(人物分流)。
8、非洲豬瘟檢測實(shí)驗室地面
地面建議使用 PVC 卷材地面或自流坪地面,整體性好。便于進(jìn)行清掃,耐腐蝕。沒(méi)有條件的也可采用水磨石地面,或大塊的瓷磚(至少 800mm×800mm)接縫需要小于 2mm。
9、非洲豬瘟檢測實(shí)驗室照明
燈具要選用凈化燈具,能達到便于清洗、不積塵的特點(diǎn)。
三、空氣流與壓差要求
PCR 實(shí)驗室的空氣流向必須嚴格按照試劑儲存和準備區→標本制備區→擴增區→擴增產(chǎn)物分析區空氣壓力逐漸遞減方式進(jìn)行,防止擴增產(chǎn)物順空氣氣流進(jìn)入擴增前的區域。風(fēng)速流向不得混亂。
為了保證房間內的壓差和避免污染,應在空調面板處寫(xiě)清楚送風(fēng)機和排風(fēng)機的開(kāi)啟順序和關(guān)閉順序,先后順序不得混亂。
空氣潔凈級別不同的相鄰房間之間的靜壓差應大于 5 帕,潔凈室(區)與室外大氣的靜壓差應大于 10 帕,應配備監測靜壓差的設備,并定期監控。
一般情況下,試劑配制室及樣品處理室宜呈微正壓,以防外界含核酸氣溶膠的空氣進(jìn)入,造成污染;可以通過(guò)控制進(jìn)風(fēng)風(fēng)量大于排風(fēng)風(fēng)量達到正壓效果。
核酸擴增室及產(chǎn)物分析室應呈微負壓,以防含核酸的氣溶膠擴散出去污染試劑與樣品,可以通過(guò)控制排風(fēng)風(fēng)量大于進(jìn)風(fēng)風(fēng)量達到負壓效果。
在理想情況下,PCR 實(shí)驗室緩沖間內,可設置正壓,使室內空氣不流向室外,室外空氣不流向室內。PCR實(shí)驗室進(jìn)風(fēng)由原有中央空調控制的要求將中央空調風(fēng)口安裝到指定定點(diǎn)。
四、實(shí)驗室設施要求:
實(shí)驗室基礎設施設計:包括實(shí)驗室基礎裝修、實(shí)驗室凈化工程、實(shí)驗室供排水工程、實(shí)驗室電路系統。
1)實(shí)驗室基礎裝修需要潔凈天花、地板、隔斷,合理設置緩存間及配置凈化門(mén)、觀(guān)察窗、傳遞窗等。
2)實(shí)驗室凈化工程 實(shí)驗室應配備單獨送排風(fēng)設施,試劑配置區、核酸提取區和擴增分析區應配備凈化系統。
3)實(shí)驗室供排水工程包括非手動(dòng)水龍頭、不銹鋼或PP水池和緊急淋浴器及供排水管線(xiàn)管路。
4)實(shí)驗室電路系統:根據儀器的功率配置合適的功率,特別注意高壓滅菌鍋的功率,注意實(shí)驗室用電安全。
5)配備適用的應急器材,如應急照明設備、消防器材、意外事故處理器材等。
五、實(shí)驗室儀器及設備
1)更衣室儀器及設備:更衣柜或掛衣架、鞋柜以及消毒器和烘干器。
2)配液室儀器及設備:國鉉超凈工作臺、冰箱、小型離心機、旋渦振蕩器、微量移液器等。
3)樣品處理室儀器及設備:離心機、組織研磨機、Ⅱ級生物安全柜、恒溫水浴鍋、冰柜等、可移動(dòng)紫外消毒器。
4)核酸提取室儀器及設備:核酸提取儀、Ⅱ級生物安全柜、恒溫水浴鍋、小型離心機、微量移液器、可移動(dòng)紫外消毒器等。
5)擴增分析區儀器及設備:熒光定量PCR儀、電腦、打印機、不間斷電源、可移動(dòng)紫外消毒器等。
6)消毒洗滌室:高壓滅菌器、干燥箱、器皿柜等。
六、實(shí)驗室面積及設備間距
一般來(lái)說(shuō)各房間的面積沒(méi)有嚴格要求,只需能放置所需儀器設備,并且便于人員操作即可,但是有生物安全柜的房間面積不能小于10平米,并且每增加一臺生物安全柜,房間就要增加 10 平米。各實(shí)驗室緩沖間的面積一般為 1300*(1300 或 1500)mm 為宜,并且緩沖間的面積不能 大于實(shí)驗室房間面積的 1/8。
在做平面設計的時(shí)候,首先要考慮的因素是就是“安全”,實(shí)驗室是最易發(fā)生爆炸、火災、毒氣泄露等的場(chǎng)所。我們在做平面設計的時(shí)候,應盡量地要保持實(shí)驗室的通風(fēng)流暢、逃生通道暢通。根據國際人體工程學(xué)的標準。
我們做如下的劃分以供參照:
實(shí)驗臺與實(shí)驗臺通道劃分標準(通道間隔用 L 表示)
L>500mm 時(shí),一邊可站人操作;
L>800mm 時(shí),一邊可坐人操作;
L>1200mm 時(shí),一邊可坐人,一邊可站人,中間不可過(guò)人;
L>1500mm 時(shí),兩邊可坐人,中間可過(guò)人;
L>1800mm 時(shí),兩邊可坐人,中間可過(guò)人可過(guò)儀器
天平臺、儀器臺不宜離墻太近,離墻 400mm 為宜。為了在工作發(fā)生危險時(shí)易于疏散,實(shí)驗臺間的過(guò)道應全部通向走廊。另:實(shí)驗室建筑層高宜為 3.7 米-4.0 米為宜,凈高宜為2.7米-2.8 米,有潔凈度、壓力梯度、恒溫恒濕等特殊要求的實(shí)驗室凈高宜為 2.5 米-2.7 米(不包括吊頂);實(shí)驗室走廊凈寬宜為 2.5 米-3.0 米.普通實(shí)驗室雙門(mén)寬以 1.1 米-1.5 米(不對稱(chēng)對開(kāi)門(mén))為宜,單門(mén)寬以 0.8 米-0.9 米為宜。
七、潔凈裝修要求
潔凈室(區)的內表面應平整光滑、無(wú)裂縫、接口嚴密、無(wú)顆粒物脫落,并能耐受清洗
和消毒,墻壁與地面的交界處宜成弧形或采取其他措施,以減少灰塵積聚和便于清潔。
潔凈室(區)內各種管道、燈具、風(fēng)口以及其他公用設施,在設計和安裝時(shí)應考慮使用中
避免出現不易清潔的部位。
潔凈室(區)的窗戶(hù)、天棚及進(jìn)入室內的管道、風(fēng)口、燈具與墻壁或天棚的連接部位均應
密封。
八、人流路徑與物流路徑
進(jìn)入實(shí)驗室區域工作人員應該按照以下路徑:
公共清潔區——更衣間(更換潔凈服)——緩沖間——污染實(shí)驗區
工作人員退出實(shí)驗室的路徑為:
污染試驗區——緩沖間——淋浴間(有條件的可設置)——更衣間——公共清潔區
所有的物品進(jìn)入實(shí)驗區必須經(jīng)過(guò)雙扉互鎖傳遞窗,利用傳遞窗消毒后才可進(jìn)入,實(shí)驗室
內所有物品的也必須經(jīng)過(guò)傳遞窗才可以傳遞到實(shí)驗室以外的清潔公共區。
門(mén)的開(kāi)啟方向
實(shí)驗室建筑層高宜為 3.7 米-4.0 米為宜,PCR 實(shí)驗室凈高宜為 2.5 米-2.7 米(不包括吊頂);實(shí)驗室走廊凈寬宜為 2.5 米-3.0 米.普通實(shí)驗室雙門(mén)寬以 1.1 米-1.5 米(不對稱(chēng)對開(kāi)門(mén))為宜,單門(mén)寬以 0.8 米-0.9 米為宜。
一般實(shí)驗室門(mén)主要向里開(kāi),但如有危險的房間,房門(mén)應朝外開(kāi),房門(mén)材質(zhì)最好選擇壓力
玻璃。
有壓差梯度的房間,門(mén)的開(kāi)啟方向應朝向正壓方向一側開(kāi)啟;
考慮到消防安全,對于那些主要逃生門(mén)的開(kāi)啟方向應朝向清潔區方向開(kāi)啟。
九、工作服要求
在凈化車(chē)間內工作的人員應穿著(zhù)符合要求的工作服。工作服的選材、式樣及穿戴方式應與生產(chǎn)操作和空氣潔凈度級別要求相適應,并不得混用。潔凈工作服的質(zhì)地應光滑、不產(chǎn)生靜電、不脫落纖維和顆粒性物質(zhì)。無(wú)菌工作服必須包蓋全部毛發(fā)、胡須及腳部,并能阻留人體脫落物。不同空氣潔凈度級別使用的工作服應當分別清洗、整理,必要時(shí)消毒或滅菌。工作服洗滌、滅菌時(shí)不應帶入附加的顆粒物質(zhì)。工作服應制定清洗周期。
進(jìn)入各個(gè)區域必須嚴格按照單一方向進(jìn)行,不同的工作區域使用不同的工作服(例如不同的顏色)。工作人員離開(kāi)時(shí),不得將工作服帶出。
實(shí)驗室應建立、執行人員進(jìn)出潔凈區的清潔程序和管理制度,人員清潔程序合理。
十、人員培訓
配備至少兩名專(zhuān)業(yè)實(shí)驗員,能夠獨立處理樣品、提取核酸及核酸擴增,熟練掌握超凈工作臺、生物安全柜、自動(dòng)提取儀、實(shí)時(shí)熒光定量PCR的使用,加強生物安全方面的培訓,避免實(shí)驗室污染。
附:非洲豬瘟檢測實(shí)驗室要求參考
一、非洲豬瘟
非洲豬瘟(African swine fever, ASF)是由非洲豬瘟病毒(ASFV)引起豬的一種急性、熱性、高度接觸性動(dòng)物傳染病,臨床上以高熱、網(wǎng)狀內皮系統出血和高死亡率為特征,易感豬群的病死率高達100%。世界動(dòng)物衛生組織(OIE)將其列為法定報告動(dòng)物疫病,我國將其列為一類(lèi)動(dòng)物疫病。目前,針對非洲豬瘟防控,尚無(wú)有效的商品化疫苗,防控重點(diǎn)是做好生物安全管理和早期診斷撲殺凈化。
二、非洲豬瘟感染規律
源于:《FAO動(dòng)物生產(chǎn)與衛生手冊——非洲豬瘟:發(fā)現與診斷》
ASF自然感染潛伏期為4-19天。
最急性和急性感染通常在4-10天死亡。
在臨床癥狀出現的2天前,ASF感染動(dòng)物開(kāi)始散播大量病毒。
感染后7-9天血清轉陽(yáng),抗體持續很長(cháng)時(shí)間,可持續終生。
三、非洲豬瘟檢測實(shí)驗室設備儀器配置方案
用于非洲豬瘟病毒檢測的實(shí)驗室,推薦配置以下設備:II級生物安全柜、混勻儀(渦旋振蕩器)、高速離心機、金屬浴或恒溫水浴鍋、組織破碎儀(均質(zhì)器/勻漿儀)、移液器、冷藏冷凍冰箱、高壓滅菌鍋。同時(shí),建議實(shí)驗室配備合適的個(gè)人防護用品,如防護服、手套、口罩等。
1. II級生物安全柜:提供無(wú)菌環(huán)境用于處理組織樣品等(避免外部環(huán)境污染樣品),同時(shí)保證病毒不向實(shí)驗室環(huán)境擴散(保證人員和環(huán)境安全)。
2.高速離心機:用于血清的分離和樣品的處理的分離。
3. 金屬浴或恒溫水浴鍋:提供恒溫環(huán)境,用于樣品處理過(guò)程中的裂解過(guò)程。建議選擇帶有震蕩功能的設備,或者配備單獨的混勻儀(渦旋振蕩器)。
4.組織破碎儀(均質(zhì)器/勻漿儀):根據樣品類(lèi)型選擇便攜式組織破碎儀或者高通量組織破碎儀等(在用組織檢測時(shí)使用)。
5. 移液器:用于實(shí)驗過(guò)程中的微量體積加樣。
6.冷藏冷凍冰箱:用于樣品、試劑盒試紙等儲存,建議定期監測冰箱溫度。
7.高壓滅菌器:用于實(shí)驗結束后樣品及用具的滅菌處理,避免樣品帶有病毒時(shí)泄露導致疫情擴散。
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